Secara tradisional, suara guntur di banyak gunung dan lembah Bhutan diyakini sebagai suara naga, dan negara itu dikenal sebagai "Tanah Naga Guntur" dalam bahasa aslinya. Namun, desain naga bendera mungkin telah dipengaruhi oleh desain serupa yang digunakan selama berabad-abad oleh orang Cina tetangga. Dalam cakarnya naga di atas bendera menggenggam perhiasan, berdiri untuk kekayaan nasional dan untuk kesempurnaan. Naga, yang semula berwarna hijau, sekarang berwarna putih, melambangkan kesucian dan kesetiaan berbagai kelompok etnis di negara ini. Warna kuning-oranye, yang oleh pemerintah Bhutan secara resmi digambarkan sebagai kuning, adalah simbol dari kekuasaan raja, sebagai kepala pemerintahan sekuler, sedangkan oranye-merah dikaitkan dengan Bka'-brgyud-pa (Kagyupa) dan Sekte-sekte Buddhis Rnying-ma-pa (Nyingmapa) dan dengan komitmen keagamaan bangsa.
Tanggal pasti pengenalan bendera ini tidak diketahui, tetapi mungkin terjadi pada tahun 1971 ketika Bhutan bergabung dengan PBB. Hingga 1960-an Bhutan sebagian besar tertutup bagi dunia luar; hubungan luar negerinya telah dilakukan melalui Inggris (1910–49) dan oleh India (dari 1949 hingga 1960-an). Keterasingan Bhutan dan tidak adanya pantai yang sangat ketat membatasi keadaan di mana bendera nasional diperlukan.
