Dulunya merupakan koloni Inggris, Seychelles menjadi merdeka pada 29 Juni 1976. Bendera yang dikibarkan pada waktu itu memiliki segitiga bergantian biru dan merah, dipisahkan oleh salib diagonal putih. Mungkin tidak secara kebetulan, bahwa bendera itu hampir persis sama dengan yang digunakan oleh Perusahaan Navigasi Uap Australia Australasia, yang kapal-kapalnya secara teratur mengunjungi pulau-pulau pada awal abad ke-20. Bendera tidak bertahan lama: sebuah revolusi terjadi pada 5 Juni 1977, di bawah kepemimpinan Partai Persatuan Rakyat Seychelles (SPUP). Bendera baru memiliki garis-garis horizontal merah-hijau yang dipisahkan oleh pita putih bergelombang, yang sama dengan bendera SPUP kecuali untuk penghilangan matahari kuning di tengah.
Pada tahun 1993 tekanan dari kekuatan asing menyebabkan demokratisasi pemerintah. Partai yang berkuasa kehilangan monopolinya dalam pemilihan, dan partisipasi partai-partai lain dalam pemerintahan menyebabkan permintaan akan bendera nasional yang kurang partisan. Parlemen menyetujui desain yang memasukkan warna-warna berbagai pihak dalam sebuah bendera yang dikibarkan pada 18 Juni 1996. Warna-warna bendera itu biru (untuk langit dan laut), kuning (untuk matahari yang memberi kehidupan), merah (untuk orang dan pekerjaan mereka untuk persatuan dan cinta), putih (untuk keadilan dan harmoni sosial), dan hijau (untuk tanah dan lingkungan alami).
