Dewan Trent.
Pada bulan Mei 1536, Paus Paulus menerbitkan banteng pertemuan untuk dewan yang diusulkan untuk diadakan di Mantua. Dia juga mengizinkan sekelompok kardinal terpilih untuk menyusun laporan tentang pelanggaran di dalam gereja. Dipandu oleh Kardinal Gasparo Contarini, kelompok ini mengecam penahbisan imam yang dipersiapkan dengan buruk, pemilihan uskup yang tidak kompeten, akumulasi manfaat, dan dekadensi perintah agama, khotbah, dan perawatan jiwa. Namun, laporan itu jatuh ke tangan Protestan dan digunakan oleh Luther dalam serangan kekerasan terhadap Gereja Roma dan kepausan. Namun demikian, Paus mengejar rencananya untuk memegang dewan, yang dijadwalkan dibuka pada 23 Mei 1537, di Mantua. Dengan kesabaran yang tak terbatas, Paul berusaha untuk mengatasi oposisi Kaisar, raja, wali, dan pangeran, memprator dan menunda pembukaan dewan berulang kali selama sembilan tahun, tetapi akhirnya berhasil diresmikan oleh wakilnya, Kardinal Giovanni del Monte, di Trent pada 13 Desember 1545.
Untuk menghormati teriakan kaum Protestan, Kaisar bersikeras bahwa dewan membatasi diri terutama untuk berurusan dengan disiplin dan reformasi. Namun demikian, keputusan Paus bahwa hal-hal doktrinal harus didahulukan berlaku, dan, dalam sesi-sesi awalnya, Konsili Trente mengeluarkan dekrit tentang kanon Kitab Suci, dosa asal, pembenaran, dan sakramen, serta tentang reformasi. Ketakutan akan wabah dan ancaman serangan oleh pasukan Protestan bersenjata mendorong Paus untuk menerima transfer dewan ke Bologna pada Februari 1548. Tetapi Kaisar melarang wali Spanyol dan Jerman untuk pergi ke Bologna, dan Paus harus menangguhkan Dewan pada 17 September 1549. Namun demikian, fase pertama Dewan Trent ini telah mencapai langkah besar ke depan, yang mengarah pada reformasi menyeluruh pengajaran dan disiplin Gereja.
Sepanjang masa kepausannya, Paus Paulus sering mengunjungi tempat-tempat bermasalah di Negara Kepausan dan sekitarnya. Dia berada di Civitavecchia pada 1535 dan 1537; mengunjungi Lucca dan Piacenza dalam perjalanan ke Nice pada 1538; muncul di Perugia untuk menenangkan kota setelah pasukannya mematahkan kekuasaan keluarga Colonna pada 1540; dan pada 1543 mengunjungi Bologna dalam perjalanan ke Busseto untuk bertemu Kaisar.
