Meskipun ada gerakan separatis di Panama ketika itu merupakan bagian dari Kolombia selama abad ke-19, tidak ada bendera Panama yang diakui. Pada tahun 1903, ketika senat Kolombia menolak perjanjian yang diusulkan dengan Amerika Serikat yang akan menyediakan pembangunan kanal Panama, Amerika membantu gerakan kemerdekaan Panama, dan Republik Panama dibentuk.
Awalnya desain bendera diusulkan yang memanfaatkan warna-warna bendera Kolombia. Itu terdiri dari garis-garis horizontal merah dan kuning yang sama dengan kanton biru bertuliskan dua matahari kuning yang terhubung, melambangkan hubungan dua bagian planet ini dengan Terusan Panama di masa depan. Desain bendera yang akhirnya dipilih menjadi resmi pada 4 Juli 1904; dibagi setiap tiga bulan dengan dua bintang. Simbolisme yang dikaitkan adalah pergantian dua partai politik besar dalam pemerintahan (semula, merah untuk kaum liberal, biru untuk kaum konservatif, dan putih untuk perdamaian di antara mereka), meskipun warna dan bintang jelas mengisyaratkan pengaruh bendera negara. Amerika Serikat. Bendera Panama dirancang oleh Manuel E. Amador, putra presiden pertama republik baru ini.
