Bendera ini diadopsi oleh Dewan Wilayah pada tahun 1967. Garis-garis vertikalnya yang tidak sama disebut sebagai "Kanada pucat" karena sesuai dengan bendera nasional Kanada. (Dalam lambang, pucat adalah garis vertikal tengah pada perisai, biasanya menutupi sepertiga atau kurang dari daerah tersebut.) Garis hijau pada bendera Yukon adalah untuk hutan wilayah, sedangkan biru adalah untuk sungai dan danau; putih untuk salju Kutub Utara. Lambang pusat adalah lambang resmi Yukon, yang diberikan ke wilayah itu pada 24 Februari 1956, dengan surat perintah kerajaan. Lambang ini dirancang oleh Komandan Alan B. Beddoe, sedangkan bendera adalah konsep Mr. Lynn Lambert, seorang siswa di Haines Junction.
Lambang di lambang fitur anjing Malamute, yang banyak digunakan dalam pembukaan wilayah Yukon yang kaya mineral untuk tempat tinggal Eropa. Garis vertikal bergelombang di perisai mewakili Sungai Yukon, segitiga merah menunjukkan gunung, dan cakram emas merujuk pada emas dan mineral lainnya. Salib St. George (dari Inggris), ditambah simbol heraldik untuk bulu dan bunga teritorial (fireweed), melengkapi desain lambang.
