Yahya Khan, sepenuhnya Agha Mohammad Yahya Khan, (lahir 4 Februari 1917, dekat Peshawar, India [sekarang di Pakistan] - meninggal 10 Agustus 1980, Rawalpindi, Pakistan), presiden Pakistan (1969–1971), seorang prajurit profesional yang menjadi komandan tertinggi angkatan bersenjata Pakistan pada tahun 1966.
Yahya lahir dari keluarga yang diturunkan dari kelas prajurit elit Nāder Shah, penguasa Persia yang menaklukkan Delhi pada abad ke-18. Dia dididik di Universitas Punjab dan kemudian lulus pertama di kelasnya dari Akademi Militer India di Dehra Dun. Dia bertugas di Italia dan Timur Tengah selama Perang Dunia II dan, setelah pemisahan India pada tahun 1947, menyelenggarakan Sekolah Staf Pakistan.
Setelah bertugas dalam perang dengan India atas wilayah Kashmir, ia menjadi brigadir jenderal termuda Pakistan pada usia 34 dan jenderal termuda di usia 40 tahun. Ia menjadi panglima tertinggi pada tahun 1966. Anak didik Pres. Mohammad Ayub Khan, Yahya adalah komandan militer ketika kerusuhan jalanan meletus di negara itu. Ayub memintanya untuk mengambil alih arahan pemerintah dan menjaga integritas Pakistan. Dia diangkat sebagai kepala administrasi darurat militer, yang dia nyatakan dengan kata-kata “Saya tidak akan mentolerir kekacauan. Biarkan semua orang kembali ke posnya."
Yahya Khan menggantikan Ayub Khan sebagai presiden ketika yang terakhir mengundurkan diri dari jabatannya pada Maret 1969. Pada tahun 1971 konflik serius meletus antara pemerintah pusat dan Partai Awami yang dulu bernama Pakistan Timur, dipimpin oleh Sheikh Mujibur Rahman. Pemimpin Pakistan Timur itu menuntut otonomi atas separuh negaranya yang terbelah secara geografis, dan Yahya Khan menanggapinya dengan memerintahkan tentara untuk menekan Partai Awami. Kebrutalan yang dilakukan oleh perintahnya dan masuknya jutaan pengungsi Pakistan Timur ke India menyebabkan invasi India ke Pakistan Timur dan kekalahan pendudukan Pakistan Baratnya. Pakistan Timur menjadi negara merdeka Bangladesh, dan dengan kehilangannya Yahya Khan mengundurkan diri (20 Desember 1971).
Dia digantikan oleh menteri luar negerinya, Zulfikar Ali Bhutto, yang membuatnya menjadi tahanan rumah. Tidak lama kemudian ia lumpuh karena stroke dan, setelah dibebaskan, tidak lagi memainkan peran politik yang penting.
