Gereja Ortodoks Koptik Alexandria, juga disebut Gereja Ortodoks Koptik, Gereja Ortodoks Oriental dan gereja Kristen utama di Mesir yang mayoritas penduduknya Muslim. Orang-orang Mesir sebelum penaklukan Arab pada abad ke-7 mengidentifikasi diri mereka sendiri dan bahasa mereka dalam bahasa Yunani sebagai Aigyptios (qibṭ Arab, Westernized sebagai Copt). Ketika Muslim Mesir kemudian berhenti menyebut diri mereka Aigyptioi, istilah itu menjadi nama khas minoritas Kristen. Pada abad ke-19 dan ke-20 mereka mulai menyebut diri mereka Ortodoks Koptik untuk membedakan diri mereka sendiri dari Koptik yang telah masuk Katolik Roma (lihat juga Gereja Katolik Koptik) dan dari Ortodoks Timur, yang sebagian besar adalah orang Yunani (lihat juga Patriarkat Ortodoks Yunani dari Alexandria).
Pada abad ke-4 dan ke-5 konflik teologis muncul antara orang Koptik dan orang-orang Romawi berbahasa Yunani, atau orang Melkia, di Mesir. Konsili Khalsedon (451) menolak doktrin monofisit — kepercayaan bahwa Yesus Kristus hanya memiliki sifat ilahi, bukan manusia, - dan menegaskan keilahian dan kemanusiaannya. Orang Melkia mengakui hasil Khalsedon. Gereja Koptik, bagaimanapun, menjadi salah satu dari beberapa gereja Timur yang menolak bahasa kristologis tentang dua kodrat Kristus yang disepakati di Chalcedon. Namun sementara gereja-gereja Katolik Roma dan Ortodoks Timur mengecam gereja-gereja Timur ini sebagai bidat monofisit, gereja Koptik dan gereja pra-Khalsonia lainnya atau (sejak abad ke-20) gereja-gereja Ortodoks Oriental mengadopsi posisi teologis yang disebut miaphysitisme. Mengakui pernyataan St. Cyril dari Aleksandria (c. 375-444) yang menyatakan "satu sifat inkarnasi dari Firman" Allah, miaphysites menyatakan bahwa kemanusiaan dan keilahian Kristus sama-sama hadir melalui Inkarnasi dalam satu watak tunggal (karenanya Awalan Yunani mia, “sama”) dengan Firman yang menjadi manusia. Alih-alih menyangkal kemanusiaan Kristus, seperti yang dituduhkan mereka lakukan, Koptik dan gereja-gereja miaphysite lainnya memberikan kemanusiaan dan keilahiannya kehadiran yang sama dalam pribadi Kristus.
Setelah penaklukan Arab atas Mesir pada abad ke-7, orang-orang Koptik berhenti berbicara bahasa Yunani, dan hambatan bahasa menambah kontroversi. Berbagai upaya kompromi oleh kaisar-kekaisaran Bizantium berakhir sia-sia. Belakangan, para khalifah Arab, meskipun mereka cenderung mendukung orang-orang yang memeluk Islam, tidak banyak campur tangan dalam urusan internal gereja. Jizya, pajak yang dikenakan pada non-Muslim yang tinggal di negara Islam, dihapuskan pada abad ke-18.
Bahasa Arab sekarang digunakan dalam pelayanan Gereja Ortodoks Koptik untuk pelajaran dari Alkitab dan untuk banyak himne variabel; hanya beberapa refrain pendek yang dimengerti semua orang yang datang ke gereja tidak dalam bahasa Arab. Buku-buku dinas, menggunakan liturgi-liturgi yang dikaitkan dengan St. Markus, St. Cyril dari Aleksandria, dan St. Gregorius dari Nazianzus, ditulis dalam bahasa Koptik (dialek Bohairic dari Aleksandria), dengan teks Arab dalam kolom paralel.
Gereja Ortodoks Koptik mengembangkan sistem pemerintahan yang demokratis setelah tahun 1890-an. Patriark dan 12 uskup keuskupan, dengan bantuan dewan komunitas di mana umat awam terwakili dengan baik, mengatur keuangan gereja-gereja dan sekolah-sekolah dan administrasi peraturan yang berkaitan dengan pernikahan, warisan, dan hal-hal lain mengenai status pribadi. Ketika bapa leluhur itu meninggal, sebuah perguruan tinggi pemilihan, yang sebagian besar adalah orang awam, memilih tiga bhikkhu yang memenuhi syarat, setidaknya berusia 50 tahun sebagai kandidat untuk jabatan bapa bangsa. Di antara ketiganya, pilihan terakhir dibuat oleh banyak setelah doa.
Uskup dengan pangkat tertinggi adalah patriark Aleksandria, yang tinggal di Kairo; dia disebut paus dan mengklaim otoritas kerasulan untuk jabatannya dari St Markus. Gereja memiliki sekolah dasar dan menengah sendiri di banyak tempat di Mesir, serta gerakan sekolah minggu yang kuat untuk pendidikan agama anak-anak yang tidak dapat pergi ke sekolah Koptik. Ada Institut Studi Koptik di Kairo, sebuah perguruan tinggi teologis yang terhubung dengan institut itu, dan sebuah museum Koptik; pengajaran Gereja Ortodoks Koptik bahkan telah menjadi dasar silabus yang digunakan dalam pengajaran agama anak-anak Kristen di sekolah-sekolah pemerintah.
Ada gereja-gereja Ortodoks Koptik di Yerusalem dan di daerah-daerah lain di Tanah Suci, yang dibangun pada abad ke-19 dan ke-20, serta keuskupan Koptik di Khartoum, Sudan. Gereja juga memiliki kehadiran kecil di Amerika Utara, Australia, dan Inggris. Gereja-gereja Ortodoks Etiopia, Armenia, dan Syria semuanya adalah gereja-gereja Ortodoks Oriental dalam persekutuan dengan Gereja Ortodoks Koptik. Gereja-gereja Ortodoks Oriental dianggap sesat selama berabad-abad oleh gereja Katolik Roma dan Ortodoks Timur. Namun, sejak akhir abad ke-20, Gereja Ortodoks Koptik, seperti gereja-gereja Ortodoks Oriental lainnya, telah berdialog dengan keduanya, menyelesaikan banyak perselisihan teologis dan mendapatkan pengakuan sebagai doktrin dalam arus utama kekristenan ortodoks.
