Kemerdekaan untuk Amerika Tengah pertama kali diproklamasikan pada 15 September 1821, tetapi Meksiko kemudian menaklukkan daerah itu selama dua tahun. Bendera Provinsi Amerika Tengah yang baru merdeka diadopsi pada 21 Agustus 1823, dan terdiri dari garis-garis biru-putih-biru dengan lambang nasional di tengahnya. Lengan-lengan itu pada dasarnya termasuk elemen desain yang sama yang digunakan Nikaragua saat ini. Bahkan setelah lima negara anggota federasi menjadi negara merdeka, Nikaragua terus mengibarkan bendera lama. Akhirnya, pada 1854, tiga warna kuning-putih-merah horisontal Nikaragua baru dipilih, tetapi tidak terbang lama. Perang saudara dan intervensi oleh filibuster Amerika Utara (petualang militer) kemudian menghasilkan sejumlah bendera yang diperkenalkan dan diganti dengan cepat.
Pada tahun 1908 bendera federasi lama diadaptasi kembali sebagai panji nasional Nikaragua, dengan modifikasi yang sesuai dalam lambang. Desain dasar itu, dengan perubahan lebih lanjut pada lambang, ditegaskan kembali oleh hukum 27 Agustus 1971, meskipun bicolour horizontal merah-hitam dari gerakan Sandinista secara de facto merupakan bendera nasional sekunder selama tahun-tahun pemerintahan Sandinista (1979). –90). Lambang di bendera termasuk segitiga untuk kesetaraan, topi kebebasan untuk kebebasan, dan lima gunung berapi antara dua lautan, simbol dari lima negara Amerika Tengah asli antara cekungan Atlantik dan samudera Pasifik.
