Gereja Ortodoks Jepang, badan otonom Gereja Ortodoks Timur, dalam hubungan kanonik dengan patriarkat Moskow, yang menegaskan pemilihan metropolitan Tokyo. Gereja Ortodoks Jepang diciptakan oleh upaya misionaris terkemuka, Nikolay Kasatkin (1836–1912), yang menjadi uskup agung Ortodoks pertama di Jepang dan dikanonisasi menjadi seorang suci pada tahun 1970.
Sejak awal misi (1872), gereja tidak pernah bergantung pada personil misionaris asing. Para imam Jepang ditahbiskan setelah dilatih di seminari di Tokyo, dan majelis ulama dan awam memegang kendali penuh atas urusan gereja. Karakter pribumi dari Ortodoksi Jepang ini memungkinkannya untuk bertahan dari beberapa cobaan politik dan periode isolasi, seperti Perang Rusia-Jepang dan dua Perang Dunia. Antara 1945 dan 1970 gereja berada di bawah yurisdiksi gerejawi dari metropolitan Rusia di Amerika. Pada tahun 1970 ia menerima undang-undang otonom permanen dari patriarkat Moskow, gereja induknya. Katedral Orthodox di Tokyo — disebut Katedral Nikolay, untuk pendirinya, Nikolay Kasatkin — adalah salah satu bangunan keagamaan terbesar di ibukota Jepang. Gereja, yang berjumlah sekitar 30.000 anggota, memiliki keuskupan di Tokyo, Kyōto, dan Sendai.
