Sungai Kootenay, juga dieja Kootenai, mengalir di Amerika Utara bagian barat, naik di Pegunungan Rocky di sebelah barat Banff, Alta., Can. Mengalir ke selatan melalui Taman Nasional Kootenay di British Columbia, Can., Memecah Batuan untuk mengalir secara umum ke selatan di parit Pegunungan Rocky. Berayun ke selatan ke Montana, AS, dalam lingkaran berbentuk U yang luas dan kemudian ke utara ke Idaho dan kembali ke Kanada sebelum melebar ke Danau Kootenay yang panjang dan sempit di British Columbia; dari lengan barat danau itu mengalir ke Sungai Columbia di Castlegar.
Sekitar 130 mil (210 km) dari panjang sungai sepanjang 485 mil (780 kilometer) berada di Amerika Serikat. Kootenay turun 365 kaki (111 m) di 25 mil (40 km) antara Danau Kootenay dan Sungai Columbia. Dalam bagian ini beberapa bendungan memasok daya ke smelter dan kilang logam dasar di Trail, BC Sungai ini dapat dilayari dari Bonners Ferry, Idaho, ke Nelson, BC
Kootenay, dieksplorasi pada 1807 oleh pedagang bulu Inggris David Thompson dan pernah disebut Flat Bow, namanya diambil dari kata India yang berarti "orang air."
