Roderick MacKinnon, (lahir 19 Februari 1956, Burlington, Massachusetts, AS), dokter Amerika, penerima Hadiah Nobel untuk Kimia pada tahun 2003 untuk penelitian perintisnya pada saluran ion dalam membran sel. Dia berbagi penghargaan dengan Peter Agre, juga dari Amerika Serikat.
MacKinnon memperoleh gelar MD dari Tufts University School of Medicine pada tahun 1982. Setelah berlatih kedokteran selama beberapa tahun, ia beralih ke penelitian dasar, dimulai pada tahun 1986 dengan pekerjaan postdoctoral pada saluran ion di Universitas Brandeis. Pada tahun 1989 ia bergabung dengan Universitas Harvard, dan pada tahun 1996 ia pindah ke Universitas Rockefeller sebagai profesor dan kepala laboratorium. Setahun kemudian dia ditunjuk sebagai penyelidik di Institut Kedokteran Howard Hughes milik Rockefeller.
Yang sangat penting bagi sistem saraf dan jantung, saluran ion adalah bukaan khusus pada membran sel yang memungkinkan ion, seperti kalium dan natrium, mudah mengalir masuk dan keluar sel; struktur serupa juga ada untuk saluran air. Pekerjaan inovatif MacKinnon berfokus pada "filter" di saluran yang melewatkan satu jenis ion sambil memblokir yang lain. Untuk memahami cara kerja filter ini, ia memperoleh gambar saluran yang lebih tajam menggunakan difraksi sinar-X. Pada tahun 1998 ia menentukan struktur molekul tiga dimensi dari saluran ion. Saluran itu, menurut MacKinnon, memiliki ukuran arsitektur sedemikian rupa sehingga mudah melucuti ion kalium — tetapi bukan ion natrium — dari molekul air yang berasosiasi dan memungkinkannya untuk lolos. Dia juga menemukan "sensor" molekuler di ujung saluran terdekat bagian dalam sel yang bereaksi terhadap kondisi di sekitar sel, mengirimkan sinyal yang membuka dan menutup saluran pada waktu yang tepat. Karyanya perintis memungkinkan para ilmuwan untuk mengejar pengembangan obat untuk penyakit di mana saluran ion berperan.
