Klasifikasi berdasarkan "karakter alami"
Linnaeus tidak menganggap sistem seksual sebagai kontribusi utama terhadap "reformasi botani" yang ia cita-citakan. Kontribusi utamanya datang dalam bentuk buklet, Fundamenta Botanica (1736; “The Foundations of Botany”), yang membingkai prinsip dan aturan yang harus diikuti dalam klasifikasi dan penamaan tanaman.
Pada 1735 Linnaeus bertemu Boerhaave, yang memperkenalkan Linnaeus ke George Clifford, seorang pedagang dan bankir Inggris lokal yang memiliki koneksi dekat dengan Perusahaan India Timur Belanda. Terkesan oleh pengetahuan Linnaeus, Clifford menawari Linnaeus posisi sebagai kurator kebun raya. Linnaeus menerima posisi itu dan menggunakan kesempatan ini untuk memperluas bab-bab tertentu dari Fundamenta Botanica dalam publikasi terpisah: Bibliotheca Botanica (1736; "The Library of Botany"); Critica Botanica (1737; “A Critique of Botany”), pada nomenklatur botani; dan Kelas Plantarum (1738; "Kelas Tanaman"). Dia menerapkan kerangka teori yang tercantum dalam buku-buku ini dalam dua publikasi lebih lanjut: Hortus Cliffortianus (1737), katalog spesies yang terkandung dalam koleksi Clifford; dan Genera Plantarum (1737; "Genera Tanaman"), yang memodifikasi dan memperbarui definisi genera tanaman yang pertama kali ditawarkan oleh Tournefort.
Genera Plantarum dianggap oleh Linnaeus sebagai pencapaian taksonomi puncaknya. Berbeda dengan upaya sebelumnya oleh ahli botani lain pada definisi generik, yang dilanjutkan dengan seperangkat pembagian sewenang-wenang, Genera Plantarum menyajikan sistem berdasarkan apa yang disebut Linnaeus sebagai "karakter alami" genera - deskripsi morfologis dari semua bagian bunga dan buah. Berbeda dengan sistem yang didasarkan pada pembagian yang sewenang-wenang (termasuk sistem seksualnya sendiri), sistem yang didasarkan pada karakter alami dapat mengakomodasi semakin banyak spesies baru — sering kali memiliki ciri-ciri morfologis yang berbeda — mengalir ke Eropa dari pos perdagangan dan koloni luar negerinya.
Perbedaan Linnaeus antara klasifikasi buatan dan alami dari organisme, bagaimanapun, menimbulkan pertanyaan tentang mekanisme yang memungkinkan organisme untuk jatuh ke dalam hierarki alami. Dia hanya bisa menjawab pertanyaan ini berkenaan dengan spesies: spesies, menurut Linnaeus, memiliki bentuk yang serupa karena mereka berasal dari pasangan orangtua yang sama yang diciptakan oleh Tuhan pada awal dunia. Banyak orang sezamannya berbagi konsep spesies serupa. Salah satu tokoh yang terkenal adalah naturalis Prancis Georges-Louis Leclerc de Buffon, yang terlibat dalam proyek sejarah alam yang mencakup semua yang sama pada saat itu — meskipun Buffon meragukan keberadaan genera alami, pesanan, atau kelas. Linnaeus mencoba menjelaskan keberadaan perpecahan ini dalam konteks hibridisasi; Namun, pertanyaan tentang hierarki alam tidak akan menerima jawaban yang memuaskan sampai naturalis Inggris Charles Darwin menjelaskan kesamaan dengan penurunan umum dalam Origin of Species (1859).
