Partai Afrika untuk Kemerdekaan Guinea dan Tanjung Verde (PAIGC) menemukan dukungan siap di koloni Portugis untuk pesan kemajuan sosial dan ekonomi melalui revolusi politik. Pada tahun 1961 ia mengibarkan bendera yang agak mirip dengan bendera negara-negara tetangga Guinea dan Ghana, yang kemudian membahas federasi masa depan tanah Afrika Barat. Untuk pan-Afrika mereka merah-kuning-hijau, gerakan pembebasan untuk Guinea-Bissau menambahkan bintang hitam pada garis hoist. Garis dan bintang itu berhubungan secara geografis dengan wilayah pesisir barat dengan ibukotanya, Bissau (dari mana nama nasional diturunkan). Garis-garis horizontal di bagian yang tersisa dari bendera dan warna kuning dan hijau mereka secara kasar berhubungan dengan sabana di utara dan hutan di selatan.
Secara resmi bintang hitam itu dikatakan sebagai simbol kepemimpinan PAIGC, warnanya merujuk pada orang-orang Afrika dan tekad mereka untuk hidup dalam martabat, kebebasan, dan kedamaian. Kuning ditafsirkan sebagai simbol panen dan hasil kerja, baik di pertanian maupun sebaliknya. Green mengingat kembali hutan yang luas dan tanah pertanian, yang menyediakan mata pencaharian bagi sebagian besar warga. Bendera partai juga memasukkan inisial PAIGC, dihilangkan ketika kemerdekaan diproklamasikan pada 24 September 1973. Portugal tidak mengakui Guinea-Bissau atau benderanya sampai setelah revolusinya sendiri pada 1974; Namun, banyak dari Guinea-Bissau sudah di bawah kendali PAIGC dan benderanya. Cape Verde akhirnya meninggalkan politik Marxis PAIGC dan mengubah bendera nasionalnya, tetapi Guinea-Bissau tetap mempertahankan desain aslinya.
