Sebelum Kosovo mendeklarasikan kemerdekaan pada 17 Februari 2008, Kosovo tidak pernah memiliki status politik yang memungkinkannya menjadi bendera sendiri. Setelah Perang Dunia II, Kosovo dimasukkan ke dalam Yugoslavia sosialis sebagai daerah otonom (provinsi otonom) dari Republik Serbia. Pemerintah federal hanya mengizinkan bendera untuk beberapa republik konstituen Yugoslavia. Namun, etnis Albania yang tinggal di Kosovo akhirnya diizinkan mengibarkan bendera Albania.
Kosovo tetap menjadi bagian dari Serbia setelah pembubaran sosialis Yugoslavia pada awal 1990-an, tetapi gerakan separatis di provinsi itu memperoleh kekuatan sepanjang dekade. Pada tahun 1998 Serbia melakukan tindakan hukuman terhadap separatis di Kosovo, yang pada tahun 1999 dimentahkan oleh Organisasi Perjanjian Atlantik Utara (NATO). Kosovo ditempatkan di bawah administrasi PBB, yang tetap di sana setelah proklamasi kemerdekaan Kosovo 2008 sampai sebagian besar diganti pada 2009 oleh pejabat Uni Eropa (UE). Serbia dan sejumlah besar negara lain tetap menentang deklarasi kemerdekaan itu.
Sebuah kompetisi formal diadakan untuk memilih bendera nasional untuk Kosovo. Banyak sekali entri didasarkan pada desain bendera Albania, baik secara langsung maupun tidak langsung. Pola yang dipilih - dipengaruhi oleh bendera Uni Eropa - membuat pernyataan yang jelas menekankan Kosovo sebagai negara multietnis. Warna biru dan kuning bendera Uni Eropa digunakan masing-masing untuk latar belakang bendera dan siluet wilayah nasional, dan lingkaran bintang putih bendera Uni Eropa diparalelkan dalam lengkungan bintang putih pada bendera Kosovo. Bintang-bintang dikatakan berdiri untuk enam kelompok etnis yang dominan di negara itu (Albania, Bosniaks, Gorani, Roma, Serbia, dan Turki). Namun, warga etnis Albania dan Serbia di Kosovo terus menggunakan bendera nasional masing-masing.
